Собственно то, что локальные диски автоматически не монтируются, меня прилично раздражало. Погуглив нашел решение. Disk Manager. Зашел в Система – Администрирование – Disk Manager. Выставил галочки напротив дисков, которые нужно подгружать при загрузке и вуа-ля! Все работает. Еще один шаг в настройке ubuntu пройден.

Update 09/02/2010: Вообще-то это вендовый способ, т.е. так и не становится понятно как же оно монтируется. А делается все очень и очень легко.

Все диски монтируемые автоматически записаны в файле /etc/fstab
sudo nano /etc/fstab
Т.е. достаточно туда добавить нужные разделы. Пример раздела:
# /dev/sda5
UUID=2b8e3fd8-7ce5-4ffa-ae68-45f68a7d55a6 /media/sda5 ext4 defaults 0 2
где UUID – номер диска (универсальный идентификатор), /media/sda5 – куда монтируется, ext4 – файловая система, defaults – параметры по-умолчанию, 0 – не выполнять резервное копирование DUMP, 2 – проверка на ошибки примерно каждые 25-30 загрузок (автоматически).

Узнать UUID можно выполнив
sudo blkid
Копируем и добавляем запись в /etc/fstab.

Так же нужно не забыть создать каталог, в который будет монтироваться раздел
sudo mkdir /media/sda5

http://vanoc.ru/ubuntu/avtomontirovanie-diskov-v-ubuntu/