Подключаем сам модуль, в консоли:
sudo a2enmod rewrite
Редактируем конфигурацию хостов:
sudo nano /etc/apache2/sites-available/default
А именно, изменяем параметр AllowOverride None на AllowOverride All
Перезапускаем web-сервер:
sudo invoke-rc.d apache2 restart
Готово.