У меня сделано так (использую Ubuntu) : / - отдельный раздел, 15 ГБ, reiserfs (форматировать при переустановке) /var
- отдельный раздел, 10 ГБ, ext3 (при переустановке не форматировать,
сохраняется кэш скачанных из репозиториев пакетов, не надо после
переустановки тратить время на скачивание заново) /home - отдельный
раздел, 15 ГБ, ext3 (так мало потому что лежать только всякие документы
и скачиваются временами туда всякие полезности, музыка и видео - на
отдельном разделе, при переустановке не форматировать, сохраняются
персональные настройки программ) /media/store - отдельный раздел,
200 ГБ, ext3 (под хранение музыки и видео, вообще есть смысл подумать
над тем, чтобы музыку и видео хранить на разных разделах, под музыку -
ext3, под видео - xfs) /swap - понятное дело отдельный раздел, 1,5
ГБ (его кстати можно и не делать вообще, современная домашняя машина и
без swap вполне будет справляться, размер равный двум объемам
оперативной памяти - уже неактуально, у меня такой большой т.к. стоит
Oracle, который без swap'а минимум в 1 ГБ просто не встает)
Более подробные рекомендации настоятельно советую почерпнуть тут [1]